Theo một số chuyên gia tư vấn thì bánh khọt cũng như nhiều món ăn miền Nam khác như bánh tằm bì, bánh xèo, chè xôi, bánh ít, bánh nếp... có sử dụng nước cốt dừa. Đây là loại chất béo thực vật có hàm lượng a xít béo no rất cao, có thể làm tăng nguy cơ béo phì, rối loạn li pid máu, hội chứng chuyển hóa, tiểu đường loại 2... Dùng nhiều nước cốt dừa không có lợi cho sức khỏe.[2]. Nhưng bên cạnh mặt có hại thì bánh khọt cũng có những mặt lợi như: Tôm và hành lá có trong bánh khọt cung cấp vitamin C, vitamin K và một số chất dinh dưỡng thiết yếu khác, giúp cho xương chắc khỏe. Bà bầu ăn bánh khọt sẽ giúp cho xương chắc khỏe cả mẹ lẫn bé, tránh tình trạng loãng xương.